1) ratyfikowane umowy międzynarodowe stanowią inaczej;

2) przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;

3) kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy z dnia 16 lutego 2007 r. o ochronie konkurencji i konsumentów;

4) przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska naturalnego;

5) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;

6) przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa wspólnotowego o ochronie konkurencji lub przepisów prawa wspólnotowego w zakresie ochrony interesów finansowych Wspólnoty Europejskiej;

7) kontrola dotyczy podmiotów, którym na mocy odrębnych przepisów właściwy organ wydał decyzję o uznaniu prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi - w zakresie związanym z wykonaniem tej decyzji;

8) kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym.

Przedłużenie czasu trwania kontroli jest możliwe jedynie z przyczyn niezależnych od organu kontroli i wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie doręcza się przedsiębiorcy i wpisuje do książki kontroli przed podjęciem dalszych czynności kontrolnych. Przedłużenie czasu trwania kontroli nie może naruszać terminów

Przedłużenie czasu trwania kontroli możliwe jest także, jeżeli w toku kontroli zostanie ujawnione zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie straty w wysokości przekraczającej równowartość 10 % kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego lub straty, albo w przypadku ujawnienia faktu niezłożenia deklaracji pomimo takiego obowiązku.